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破解隱藏於300年前傳說中的神秘訊息！！ 名偵探VS寶藏獵人 為了爭奪18世紀實際存在的海盜遺產， 舞台改為沉眠於海底的古代遺跡。 「JOLLY ROGER」這句謎語究竟代表什麼意思？ 整起事件的關鍵，掌握於柯南與小蘭的感情牽絆！？

在小五郎的帶領下，柯南一行人來到位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安．寶妮」、「瑪莉．麗德」所遺留下來的寶藏傳說。在海底宮殿附近的海底享受潛水樂趣的小蘭和園子，意外遇到了一群正在尋找寶物的寶藏獵人，不料其中一名獵人突然遭到鯊魚群的攻擊，小蘭和園子雖然幸運逃離，但該名獵人最後還是不幸身亡，聞訊趕來的柯南發現這名獵人的死因相當詭異，於是便與灰原一起展開調查。

這名獵人是否是因為海盜留下來的寶藏而遭到殺害？柯南等人一邊尋找著行蹤詭異的獵人下落，一邊試圖解開那則疑似為整個事件起因的寶藏傳說，以及案發現場海底宮殿的謎題。經過一番調查之後，他們找到了一個神秘的名詞「JOLLY ROGER（海盜旗）」，正當柯南就快要將整個傳說的謎題解開之際，原本被發現的部分寶藏卻突然遭神秘獵人奪走。這些獵人的魔掌，最後甚至伸到了小蘭和園子身上，他們的目的究竟是??隱藏於傳說中的訊息究竟為何？海底宮殿又有什麼秘密？穿越300年時光的暗號，即將由柯南一一解開！